På Skillebyholm har jordbruk bedrivits under hela 1900-talet och 1915 lät en läkare från Stockholm uppföra mansgårdsbyggnaden i herrgårdsstil, kallad ”Vita huset”, som privatbostad för sin familj. Tanken var att bedriva ett pensionat men ekonomin höll inte och på 1920-talet såldes gården till grosshandlare Carl Gustaf Lundgren med familj som startade en handelsträdgård.

När Skillebyholm blev till salu 1974 köptes därför gården av en nybildad stiftelse och den biodynamiska utbildningen flyttade från Vita huset i Ytterjärna till Skillebyholms Vita hus. Thomas Lüthi som var stiftelsens första ordförande, utvecklade en ny utbildningsplats för biodynamisk odling som sedan dess har varit den enda i sitt slag i Sverige. Idag finns på gården odling av grönsaker på friland och i växthus, bärbuskar och fruktträd, örtagård och ett snittblomsland, allt omringat av den vackra parken, skogsområden, strand, hagmarker där delar är ett Natura 2000-område.
 

Den första trädgårdsmästarutbildningen startade 1974 och var då en ettårig kurs. Den utökades till två år på 1980-talet och 1996 blev den treårig. 2010 övergick utbildningen till att bli en tvåårig yrkeshögskoleutbildning. Numera finns dessutom en ettårig Komvuxutbildning och en deltidsutbildning.

På Skillebyholm finns sedan 1993 en gårdsbutiken startade 1993 och en restaurang byggdes år 2000. Ett ytterligare växthus har tillkommit och antalet elevrum har utökats i och med bygget av huset Eken.